En créant une véritable symbiose avec l’organisme-hôte, le microbiote contribue à notre homéostasie métabolique et est un acteur majeur de notre équilibre physique et psychique.

Le microbiote intestinal :

Selon le Professeur Alain Rimbault, Laboratoire de Microbiologie, Faculté de Pharmacie (Université René Descartes)
La population microbienne est essentiellement constituée de bactéries anaérobies, incapables de se développer en présence d’oxygène moléculaire.

Le colon et l’intestin grêle représentent donc un immense bioréacteur anaérobie.
La flore anaérobie représente 99% du microbiote intestinal, la flore aérobie ou micro aérobie n’est que de 1% environ.
La flore dominante anaérobie comporte plusieurs espèces du genre Bacteroides du groupe fragilis, les bactéries anaérobies du genre Clostridium étant à un niveau plus faible.

D’autres bactéries anaérobies du genre Bifidobacterium, Eubacterium, Fusobacterium, Peptoniphilus sont présentes à des niveaux divers.
Les bactéries aéro-anaérobies facultatives (comme Escherichia Coli) sont mille fois moins nombreuses que celles du genre Bacteroides.
Des levures anaérobies facultatives du genre Candida peuvent être occasionnellement présentes.

D’autres micro-organismes anaérobies ne sont recherchés qu’exceptionnellement, à savoir les bactéries sulfatoréductrices et les methanoarchaea (anciennement appelés bactéries méthanogènes). Pour ces derniers, certaines espèces sont présentes dans l’intestin de certains individus. Environ 40 % des individus méthanoformateurs éliminent du méthane dans les gaz intestinaux et l’air expiré.

Les métabolites de la flore intestinale sont soit éliminés directement et en l’état (air expiré, selles) soit absorbés et éliminés avec ou sans transformation hépatique (sulfoconjugaison, conjugaison avec la glycine, la taurine, b-oxydation) dans les urines, la sueur et la bile puis les selles.
Les métabolites formés par un type microbien donné peuvent représenter les substrats d’un autre type microbien, dans le cadre de relations complexes.

Ces phénomènes, extrêmement importants chez les micro-organismes anaérobies, sont souvent oubliés et peuvent expliquer l’échec de certains isolements en culture pure in vitro. La flore intestinale peut aussi présider à des réactions de biotransformation de composés d’origine humaine (cortisol, etc.) ou exogènes (aliments, nutricaments, prébiotiques, xénobiotiques ou médicaments). Les métabolites formés peuvent être eux-mêmes éliminés en l’état ou absorbés et éliminés avec ou sans transformation hépatique.

Les capacités métaboliques des bactéries anaérobies sont très nombreuses et elles varient selon l’espèce concernée.

Différents facteurs peuvent affecter la composition qualitative et/ou quantitative du microbiote : âge, régime alimentaire, motilité intestinale, traitement antimicrobien, etc…

La digestion est l’ensemble des transformations subies par les aliments ingérés afin de permettre l’assimilation de leurs nutriments dans l’organisme.

Grâce à l’orchestration parfaite des nutriments issus de l’assimilation des aliments ingérés, l’organisme fabrique ses protéines, ses hormones et ses neurotransmetteurs. La synthèse de ces principes actifs vitaux permet d’assurer le fonctionnement corporel, organique et cérébral de notre organisme et de générer les outils nécessaires à notre longévité, tels que nos propres anti-inflammatoires par exemple.

Dans certaines conditions, les enzymes peuvent devenir inopérantes. N’assurant que partiellement la digestion, elles favorisent ainsi la création de substrats pour certaines bactéries indésirables.

Les micro-organismes présents dans le côlon possèdent des caractéristiques génomiques leur conférant la capacité d’utiliser les nutriments « providentiels » qui ont échappé à la digestion dans la partie haute l’intestin. En retour, elles produisent des métabolites (acides carboxyliques à chaîne courte) qui, une fois absorbés par les cellules intestinales, deviennent substrat et régulateur métabolique de l’hôte.

Tous les processus vitaux, de la marche à pied quotidienne, au passage transmembranaire des ions et molécules, réclament de l’énergie. Elle trouve sa source dans la combustion de notre alimentation quotidienne, avec cette différence qu’à ce processus explosif, exergonique, libérant uniquement de la chaleur, les cellules de notre organisme opposent une oxydation progressive, par étapes des nutriments carbonés (glucides, acides gras, acides aminés) aboutissant à une libération de chaleur nécessaire à la thermorégulation certes, mais aussi à une mise en réserve d’énergie sous forme d’ATP.

Cette combustion biologique, graduelle, contrôlée par une trame de plusieurs centaines de machines enzymatiques, équipées de facteurs vitaminiques et de minéraux ou éléments traces, donne naissance par des mécanismes de fragmentation et d’oxydation à des composés intermédiaires sur la voie de l’oxydation complète en CO2 et H2O : les acides organiques (Dr Robert NATAF).

Sur les 700 acides organiques que nous éliminons quotidiennement dans l’urine, nous en avons sélectionné certains dont le dosage permet d’explorer le dysmicrobisme : les Métabolites Organiques Urinaires.